Các công ty khai thác công trình thủy lợi giữ vai trò quan trọng trong phục vụ sản xuất nông nghiệp, phòng chống và giảm nhẹ thiên tai, bảo đảm an ninh nguồn nước... Tuy nhiên, khó khăn lớn nhất trong khai thác công trình thủy lợi hiện nay là những quy định liên quan còn bất cập, chưa phù hợp với thực tiễn, khiến những đơn vị thủy lợi này loay hoay với bài toán kinh phí.